特定の短いDNA配列を認識して切断する酵素。細菌が外来DNAから身を守る仕組みに由来し、制限酵素の種類によって、認識・切断するDNA配列や切断後の末端形状が異なる性質を利用し、ゲノム編集やDNA配列の解析に用いられる。